Ekstrakurikuler KIR merupakan wadah pengembangan kreatifitas siswa yang tertarik dalam bidang penelitian ilmiah bidang Ilmu Alam, Ilmu Sosial dan Budaya, Teknologi Informasi dan Komunikasi, serta Bahasa dan Sastra. Kegiatan ini bisa diikuti oleh seluruh siswa Malhikdua, meliputi siswa kelas 10 dan 11 dari Kelas Bilingual, Kelas Olimpiade, maupun Kelas Vokasi. Kegiatan yang dilakukan di antaranya yaitu: Mengadakan pelatihan penulisan karya ilmiyah, menulis karya ilmiyah dan Membuat jurnal hasil penulisan karya ilmiyah. Beberapa karya dari ekstra ini juga dilombakan di berbagai event Perguruan Tinggi.