ORGANISASI
OSIS (Organisasi Siswa Intra Sekolah)
OSIS merupakan organisasi yang mengatur dan melaksanakan semua kegiatan kesiswaan baik dalam bidang akademis ataupun nonakademis atau yang disebut dengang Soft Skil meliputi leadership, minat bakat, kretivitas dan sebagainya. OSIS merupakan ujung tombak bagi Malhikdua, karena semua kegiatan kesiswaan yang berlangsung di Malhikdua di bawah naungan OSIS. Disamping itu juga, OSIS berperan aktif dalam pembinaan siswa dalam bidang ketertiban, kebersihan, keamanan, bahkan kenyamanan siswa. Kegiatan OSIS meliputi: Pengontrolan ketertiban seragam dalam membantu BP, latihan marawis, teater, dan keolahragaan (basket, volly. Futsal, takraw, badminton dan tennis meja)
OSIS Malhikdua juga memiliki kegiatan jangka panjang berupa: diskusi ilmiah, pembuatan mading sekolah, seminar, expo kamppus, bakti sosial, training motivasi, sparing olahraga dengan sekolah lain, pentas seni, dan class meeting.
SUB-OSIS
Sehubungan dengan adanya beberapa program pengembangan bakat minat siswa yang diminati para siswa khususnya program-program yang bersifat pengembangan diri, maka OSIS membentuk wadah kegiatan pengembangan diri, seperti:
SDC (Self Development Club)
SDC merupakan Wadah pengembangan diri siswa dalam bidang keterampilan berbahasa Arab, bahasa Inggris dan membaca kitab Turats. Kegiatan yang ada di dalamnya hanya diperuntukkan bagi siswa kelas Bilingual baik di sekolah ataupun di asrama. Organisasi ini dikelola oleh siswa kelas Bilingual di tahun ke-2 dan dibimbing langsung oleh pembina kelas Bilingual. Kegiatan harian SDC meliputi: hafalan mufrodat, halaqoh, dauroh ilmiah, ta’ziran, meeting, murojaah kitab, debat dan balong ceremony.
Sedangkan kegiatan jangka panjang SDC antara lain: Hafalan hadits, class meeting, Teaching programme, Rihlah/tadabbur alam, praktik ibadah, dan study banding.
EDS (English Departement Student)
EDS merupakan wadah pengembangan diri siswa dalam keterampilan berbahasa Inggris tulis maupun lisan. Organisasi ini diikuti oleh siswa spesifikasi bahasa Inggris Kelas Vokasi baik Jurusan IPA maupun IPS, bertujuan untuk membangun dan mengembangkan kompetensi siswa dalam berbahasa Inggris. Kegiatan EDS meliputi: Citation (hafalan vocabulary), meeting, punishment, holiday programe, school outing programe, dan study banding.
OASIS (Organisasi Aktif Siswa Sosial)
Merupakan wadah pengembangan diri siswa dalam bidang ilmu-ilmu sosial. Organisasi ini diikuti oleh siswa Kelas Vokasi Jurusan IPS. Kegiatan OASIS meliputi: apel pagi setiap hari Selasa, study club, pembuatan media pembelajaraan, outbond, pameran, debat.
GALAXY (Gabungan Pelajar IPA Sejati)
Merupakan wadah penggembangan diri siswa dalam bidang sains dan teknologi. Organisasi ini diikuti oleh siswa Kelas Vokasi jurusan IPA. Kegiatan GALAXY meliputi: Apel pagi setiap hari Selasa, Study club: belajar kelompok yang rutin, Pembuatan media pembelajaran, Out bond, Exhibition, Membuat mading GALAXY, Class meeting GALAXY.
FID (Federation Imersi Developers)
Merupakan wadah penggembangan diri siswa dalam bidang sains dan teknologi yang diikuti oleh siswa Kelas Sains-Olimpiade. Kegiatan yang dilakukan meliputi: STaN (Study Together at Night) dengan metode tutor sebaya, Recitation (hafalan kosakata bahasa inggris), Nye-peak (speaking English; experience, news, history) kegiatan ini dilakukan setiap hari, One day one juz, Kedai amanah; Membuat warung kejujuran, Balong ceremony, Diskusi dengan sains dan teknologi kontemporer, Kajian sains dalam al-quran, Debat bilingual; Inggris-Indonesia, Bulan kreativitas siswa (drama, bedah film, majalah dinding, quiz), Mabit (Malam bina iman dan taqwa), Study Lab, kunjungan laboratorium sains PTN di Indonesia, Rihlah/tadabbur alam, Kartini day (cooking, sing traditional song, speech), Out bond at holiday, Eksperimen sains (Praktikum), Praktik ibadah; qurban, I’tikaf di bulan ramadhan.
SAKURA (Satuan Khusus Paskibra dan Pramuka)
Merupakan wadah pengembangan diri siswa Malhikdua dalam bidang baris berbaris dan pramuka. Organisasi ini diperuntukan bagi semua siswa Malhikdua tanpa kecuali. Kegiatan SAKURA meliputi: Mengadakan pelatihan baris berbaris dan kedisiplinan bersama dengan tentara Brebes, mengadakan pertunjukan paskibra di acara sekolah maupun Pondok Pesantren, mengadakan kegiatan watching gerakan paskibra dan pameran yang telah dilakukan oleh SAKURA, dengan tujuan menambah informasi gerakan baris berbaris bagi CAPAS, mengikuti kemah pelantikan Bantara, Mengikuti kemah Karya Bhak- ti Penegak (KKBP), mengadakan kegiatan bimbingan materi paskibra dan pramuka.
M2Net
M2Net atau Malhikdua Network, merupakan sebuah lembaga independen yang bergerak dalam pengembangan IT di Malhikdua. M2Net dikelola oleh guru dan crewchild (krucil) serta siswa dari Kelas Vokasi jurusan IPA/IPS yang ditugaskan oleh Kepala Madrasah secara langsung. Tugas utama M2Net adalah mengelola website Madrasah terutama dalam bidang pelayanan dan penyebaran informasi. Dalam melaksanakan tugas, M2Net memberikan kesempatan bagi para siswa untuk mengembangkan diri dalam dunia tulis menulis atau jurnalistik. Seluruh siswa Malhikdua dari semua program bisa bergabung dan menjadi anggota M2Net. Kegiatan M2Net di antaranya:Mengelola isi berita di web Malhikdua.sch.id, meliput semua berita baik di lingkungan sekolah ataupun pondok, memberikan informasi kepada siswa mengenai perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi, mengadakan pelatihan jurnalistik, mewakili malhikdua dalam event lomba Web dan jurnalistik.
KAPA Narkoba (Kesatuan Aksi Pelajar Anti Narkoba)